建て替えを考えていますが、設計段階で注意してことはありますか？

地盤・基礎・耐震など注意したい点は多岐にわたりますが、雨漏りに特化して考えるならば、サッシ枠が壁に埋め込まれるとかバリアフリーを意識しすぎたものやデザイン重視で防水性能を補う詳細図（矩計）が無いなど、施工不能や責任の所在がはっきりしないなど、屋根・壁・サッシのように異業種が接する部位の処理に注意したいところです。
目地などの接合部を処理する防水とバルコニーやベランダを処理する防水の業者が別など分業の度合いは、各ビルダーで違います。
「プロだからやってくれる」と判断してしまう前に、疑問をぶつけ納得して行う事が失敗を防ぐ近道だと思います。